En el viaje de exploración que realizó Hernando de Magallanes por las costasdel Río de La Plata descubrió la caleta el día 7 de febrero de 1520 a bordo de la goleta Trinidad sin que se efectuaran desembarcos, más tarde en 1580 cuando don Juan de Garay realizó la segunda fundación de Buenos Aires también hizo la distribución de lotes para chacras y estancias los alrededores de la cuidad y recién es cuando aparece la denominación “Ensenada” y como perteneciente a las tierras del Valle de Santa Ana, al que luego se lo designa “pago de la Magdalena” que comprendía entre otros, los actuales partidos de Magdalena, La Plata, Berisso y Ensenada.
En 1629 adquiriólas tierras las tierras que rodeaban la caleta de Ensenada, Antonio Gutiérrez Barragán, hijo del Alcalde de Buenos Aires quién colonizó las zonas con el establecimiento de una estancia, siendo su segunda apellido el que le dio nombre al paraje.
Alrededor del año 1700 entra por primera vez a puerto y bahía de la Ensenada, don Juan Antonio Guerrero y lo hace por el lado de Punta Lara. En esa misma época los López Osornio adquieren la mayor parte de las tierras de don Antonio Barragán. Uno de ellos es quien realiza las primeras modificaciones de importancia que dan un primer bosquejo de pueblo, lo que culmina en 1750 con la construcción de la primera capilla, la que fue legada a su nieta doña Cipriana Sosa, quién donó una virgen de la Merced, patrona desde entonces de Ensenada.
El piloto y práctico del Río de La Plata, don Domingo Petrarca , recorre y estudia la bahía y toda la costa, en 1730 realizó un plano del puerto de la Ensenada (cuyo original está en el archivo de las Indias en Sevilla) donde ubicó a la verdadera Punta Lara – la población de Bernardo de Lara, quién se había casado con Juana Gutiérrez de Barragán (bisnieta del primer poblador de Ensenada), también ubicó la población que era de López Osornio , el arroyo Santiago, la forma de herradura de la Ensenada, sus profundidades, características del fondo, etc.
El Gobernador de Buenos Aires – don Bruno Mauricio de Zabala – conocedor ya de los informes de Guerrero y Tetrarca, visitó la región recorriendo los canales, en especial el de “Santiago” y el de El Zanjón” y le puso a una parte del lugar “San Martín y a la otra San Bruno”. Ninguno de los dos prosperó, manteniéndose el de “Ensenada de Barragán”, conocido ya por los marinos que venían a Buenos Aires.
Alentado por el éxito de su informe al monarca español, don Bruno Mauricio de Zabala que había fundado Montevideo para combatir a los portugueses que estaban en “Colonia Sacramento” construye el Fuerte para reprimir el contrabando que realizaban por lo accesible de las costas los portugueses, franceses, ingleses y hasta los mismo españoles. En el año 1789 a raíz de una fuerte crecida del río el Fuerte sufre las consecuencias y sus muros se derrumban, el virrey Marqués de Loreto ordena su reconstrucción, concluyéndose las obras en 1800, en esa época el Marqués de Avilés (Virrey del Río de La Plata en esos momentos) amplió el proyecto original reforzándolo para así cumplir con su verdadero cometido, sin embargo esta reconstrucción no pudo impedir que la importancia del contrabando fuera en aumento, esa actividad constituyó la base económica de la región, que dio origen a la formación de la clase acaudalada formada por una mayoría nativa o españoles afincada.
Ensenada empezó a cobrar vida de pueblo, nació en forma muy primitiva la industria de la carne con un matadero sobre el arroyo el Zanjón y una salazón sobre el arroyo Piloto, el puerto aporta el tráfico de esclavos negros, se manufacturan velas de cebo y otras industrias menores como el amasijo de pan.
En diciembre de 1800 un temporal destruye todo lo que había en el Puerto se Buenos Aires, llegando las aguas hasta la Plaza Mayor, es por ello que el comercio de Buenos Aires pide la habilitación del Puerto de Ensenada y el día 2 de enero de 1801 por decreto del Virrey Marqués de Avilés se permite el arribo de buques de comercio al puerto habilitado, por ese mismo decreto se dispone la fundación del pueblo de Ensenada y se comisiona al Coronel Pedro Cerviño para que trazara oficialmente al pueblo, contemplándose casas capitulares, plazas, iglesias y otros edificios públicos. Es Pedro Duval hace construir la Capilla que reemplaza a la anterior. Por aquella época la población era de aproximadamente mil habitantes y su extensión era la que actualmente, además de Ensenada, son los partidos de Berisso, La Plata y Berazategui.
La industria de la carne nacía en el Virreinato del Río de La Plata. Buenos Aires comenzaba a ser una gran aldea y Ensenada su puerto natural; los criollos y muchos españoles, dueños de una gran cantidad de cabezas de ganado veían en el saladero el total aprovechamiento del producto y con ello su futuro económico. El saladero, al utilizar la carne, que antes de su creación se desperdiciaba, valorizó el producto. Ya no era sólo el cuero y la carne lo que abastecía a Buenos Aires. Por ello se pensó en el Riachuelo de los Navíos y en Ensenada para la instalación de los saladeros, lo que por la sola razón de elaborar productos de ultramar debían estar ubicados necesariamente sobre puerto y ambos lugares eran ideales por su proximidad al centro de consumo (Buenos Aires).
Sin embargo este proyecto se retrasa al producirse las invasiones inglesas, donde tuvo una destacada actuación don Santiago de Liniers como comandante del Fuerte, designado por el Virrey Sobremonte. En junio de 1806 (primera invasión), se avistaron ocho barcos ingleses al mando de Home Popham, quienes intentaron el desembarco frente a Punta Lara. Tuvo destacada actuación la Fragata Neptuno que amarrada en las inmediaciones fue utilizada para entrar en acción, determinado la huída de los invasores y su posterior desembarco en Quilmes. Un año más tarde – en junio de 1807 (segunda invasión) – al estar desguarnecida la fortificación, los ingleses al mando de John Witerloche ingresaron al territorio.
Después de estos acontecimientos, resurgió el tema de la instalación de los saladeros, viendo la repercusión que éstos habían tenido en la República Oriental del Uruguay, que contó con el muy importante saladero de Medina primero y Romero después. Antes de Medina pueden citarse el de Manuel Melián; el de Francisco Albil en el Puerto de Las Vacas y el de Miguel Riana que poseía un saladero cerca de Montevideo.
Los hombres del Gobierno de 1810 (Primera Junta) creían que lo más acertado era instalar un saladero en Ensenada, mucho mejor que hacerlo a orillas del Riachuelo.
El día 5 de junio de 1810 la Primera Junta decreta la habilitación del Puerto de la Ensenada con rebajas del dos por ciento en los derechos de extracción de los cueros vacunos.
Todo esto dio origen a la instalación del primer saladero en Ensenada que perteneció a Roberto Staples, Juan MC Neile y Pedro Trapani, estaba ubicado al este del Partido y fue construído en terrenos adquiridos a María Cipriana Sosa e Isabel Ferreira. Lo invertido por terrenos, ladrillos y madera fue en el orden de los siete mil trescientos duros; en sal, duelería y alquería nueve mil duros y en esclavos mil quinientos duros. El personal era de ocho toneleros, dos carpinteros, cuatro peones y personal de maestranza.
No se tiene noticias que antes de 1815 haya funcionado otro saladero en el actual territorio nacional. Sí después de ese año, los saladeros se extendieron desde Barracas al Sur hasta Ensenada, siendo el principal entre todos los perteneciente a la Sociedad “Rosas, Terreno y Cía.”, propiedad de Juan Manuel de Rosas, Nepomuceno Terrero y Luis Dorrego; se llamaba “Las higueritas” y estaba ubicado en el Partido de Quilmes.
En 1821, Pedro Trapani se independizó de la sociedad del primer saladero ensenadense y se instaló dónde hoy es Cambaceres, sobre el arroyo Doña Flora con su propio saladero, que llegó a ocupar hasta doscientos hombres entre 1821 y 1826. Con la caída de Rivadavia en 1827 sobrevino una fuerte crisis que obligó a Trapani a levantar el saladero para instalar otro en la boca del Riachuelo.
Siendo secretario del Primer Triunvirato, primero y después como ministro de Martín Rodríguez, Bernardino Rivadavia tuvo una preocupación constante con Ensenada y tomó partido por su futuro; interesándose principalmente en su puerto mandó al ingeniero Santiago Bevans para que levantara el plano de la bahía y puerto, como gran puerto natural y de aguas profundas que existía en ambas orillas del Río de la Plata. Bevans realizó estudios ordenados, presentó los planos y proyecto de camino de acceso al puerto a través de los bañados. A esta época corresponde la construcción del camino Blanco (hoy Camino Rivadavia, que comunica Ensenada con La Plata) en la que sirvieron como mano de obra prisioneros brasileños, traídos por el general Alvear.
En 1821 la creación del Juzgado de Paz puso en evidencia la notoriedad que cobró la zona, con motivo de tener que elegir sus representantes para la constitución de la Cámara de Representantes de la provincia de Buenos Aires, en 1827 Ensenada elige y envía los suyos para formar parte de la primera Sección Electoral. Al carecer de asistencia religiosa en 1838 se envió al Presbítero José Antonio Pérez como cura vicario del partido para cumplir su misión con los vecinos de la zona.
El 17 de febrero de 1856 el Gobierno de la Provincia de Buenos Aires declara a Ensenada cabecera de Partido, instalándose en forma regular el Municipio encargado de la distribución de tierras previa intervención del Escribano Venancio Luján.
Las mensajerías abrieron el 17 de junio de 1859 un servicio a Magdalena pasando por la Ensenada de Barragán. Durante 1862 se dictaron varias resoluciones relacionadas con el trazado y la concesión del Ferrocarril a la Ensenada y en mayo de 1863 se aprobó la traza entre la Boca y la Ensenada y más tarde se transfirió dicha concesión al señor William Wheelwright (ciudadano norteamericano muy amigo de Rivadavia) quien concluye el primer tramo a Quilmes y luego hasta el muelle de Punta Lara, donde llega bajo el gobierno de Sarmiento el 31 de diciembre de 1872.
Durante 1867 existían almacenes por mayor y menor, panaderías, confiterías, zapatillerías, herrerías, las que se calificaban por carteles y de acuerdo a su categoría.
En esta misma época un destacado vecino, el señor Laborde instaló en un edificio con azotea, un hotel; en locales contiguos, una tienda, un almacén de comestibles y bebidas, una ferretería, una confitería y un billar, también decidió mediante la compra de una galera -la “Bella Ensenada”- inauguran un servicio entre esa ciudad y Buenos Aires.
La epidemia de cólera de 1868 originó la constitución de una Comisión de Sanidad integrada por distinguidos vecinos que tuvo a su cargo la redacción de un reglamento para evitar su propagación; al año siguiente abrió sus puertas la primera farmacia de don Francisco Cestino.
Entre 1871 y 1875 funcionaron en la Ensenada dos saladeros: el de Juan Berisso y el de Antonio Cambaceres, éste se inauguró en 1872 con el nombre de “3 de Febrero” e introdujo métodos mecánicos y físicos revolucionarios para la época.
El 10 de Abril de 1875 hizo su aparición el semanario “El Porvenir” publicación de carácter local. La autorización del telégrafo de Ensenada llegó en 1876 y en ese mismo año un grupo de personas dejó constituido el Consejo Escolar del Distrito de la Ensenada, bajo la presidencia del cura párroco, don Próspero Ferrara.
Restablecida la cama en el país, luego de los combates de Barracas, Puente Alsina y Corrales, Nicolás Avellaneda (ya terminando su período presidencial) elevó al Congreso Nacional, en agostote 1880, el proyecto de ley que declaraba capital de la República Argentina al Municipio de la Ciudad de Buenos Aires; consecuentemente con estos hechos el 27 de abril de 1882, durante la gobernación del Dr. Dardo Rocha, la Legislatura de la Provincia de Buenos Aires. Al ajustarse la vida municipal a la nueva capital en 1884 se suprime el Municipio de Ensenada. En la práctica sólo cambió el nombre y el lugar de asiento de las autoridades municipales.
Por ley del 3 de setiembre de 1883 la Legislatura provincial expropió una lonja de terreno comprendida dentro del área de los mil doscientos metros frente al Río Santiago para la construcción del Puerto de la Ensenada, la que se prolongó hasta 1890.
Como el Puerto de Buenos Aires aún no se había inaugurado, el de La Plata (que así comenzó a llamárselo) alcanzó un éxito efímero ya que la inauguración definitiva del Puerto Madero marcó su decadencia. Estas son las razones que impulsan a la Provincia a entrar en tratativas con el Gobierno Nacional para que éste adquiera el Puerto.
El acuerdo se logra en octubre de 1904, ya que el Gobierno Nacional al ver lo insuficiente que resultaba el Puerto de Buenos Aires quería utilizar el de La Plata como complemento y es así que fueron utilizados sus muelles para buques de guerra, las instalaciones para el manejo del carbón, etc., dejando de funcionar como puerto de cabecera e ir transformándose de a poco en puerto industrial.
También a principios de siglo se instalan en Ensenada la Base Naval, la Escuela Naval, el Liceo Naval y el Hospital Naval. El proyecto del Gobierno para emplazar un balneario en Punta Lara data del año 1922.
En 1923 el Gobierno Nacional cede tierras de su propiedad a la Secretaría de Marina para la instalación en la margen derecha del Río Santiago de un astillero, siendo este el origen de Astilleros y Fábricas Navales del Estado S.A. (AFNE S.A.), el que años más tarde es transferido al Gobierno de la Provincia por medio de un Contrato de Transferencia firmado por ambos gobiernos (nacional y provincial) del 26 de agosto de 1993 y aprobado por los decretos 1.787/93 y 3.826/94 respectivamente.
Luego de las gestiones realizadas por el General Enrique Moscón y firmados los convenios con las empresas constructoras, los materiales provenientes de los Estados Unidos comenzaron a llegar al Puerto, concretándose en diciembre de 1925 la primera destilería de Yacimientos Petrolíferos Fiscales (YPF).
El 1 º de junio de 1991 se firma el Convenio de Transferencia de Puertos Nación-Provincia (ratificado por Ley 11.206 del 27/2/92) en el que se traspasa a la Provincia la administración explotación de los puertos de la Nación, pero no el dominio; es decir que quedan sometidos a la jurisdicción de las autoridades nacionales; las bases de explotación y operación se fijaron a través del Decreto 1579/92.
Esta zona franca tendrá como objetivo impulsar el comercio y la actividad industrial exportadora, pudiendo desarrollarse actividades de almacenaje, comerciales, de servicios e industriales, esta última con el único objeto de exportar la mercadería resultante a terceros países; estas disposiciones quedan reglamentadas por Ley 24.331.