En 1916 la compañía “Bravo Barros” loteó y puso en venta terrenos en la ciudad de Berisso con el nombre de “Villa San Carlos”; los dueños reales de estas tierras eran los señores Marcelino y Rafael Herrera Vegas. Unos años más tarde, precisamente en 1923, un grupo de chicos que jugaban a la pelota en los baldíos de Villa San Carlos formaron un equipo al que lo llamaron “Avanti Barrilete”.
El terreno donde se jugaba estaba ubicado entre la calle 2 bis y 3 entre San Luis y Montevideo. Después, pasó a jugar en la calle 6 . Estos chicos que se reunían en el taller de la carpintería de Don Antonio Velasco, formaron una comisión y dieron nombre al Club Atlético Villa San Carlos un 25 abril de 1925. Esta primera comisión estaba formada por: Antonio Velasco (Presidente), Raúl Casassa (Secretario), A. Flamini (Tesorero), F. Génova, J. Maseroni, y D. Vásquez (Vocales).
En el año 1924 otro grupo de vecinos fundaron la entonces “Liga de Fomento Villa San Carlos”. La primera reunión se analizó en el almacén de Don Álvarez y contó con el apoyo de todos los vecinos del barrio. Esta liga ocupaba un pequeño salón entre las calles 5 y 6 sobre la Avenida Montevideo y posteriormente se trasladaría a la esquina de la calle 7.
Las dos obras más importantes de la institución son el Estadio Genacio Sálice, que está situado en calle 26 y 173, y fue inaugurado el 25 de mayo de 1950. Y unos años más tarde, en 1968 se inaugura la sede social en calle Montevideo y 25.
El Club Atlético Villa San Carlos tiene una actividad social presente. Las diversas disciplinas se han coronado en las ligas y torneos donde participaron. La entidad es visitada a diario por más de 1.000 deportistas que practican diversas actividades como el Básquet, Patín Artístico, Fútbol, Aerodance, Taekwon-do, Bochas, Karate, Boxeo y Jiu Jitsu.
Su disciplina más importante y destacada es el fútbol. Al principio la institución formaba parte de la Liga Berissense, luego se afilió a la Liga Amateur Platense de fútbol y participó hasta 1968. Ascendió por primera vez a Primera División de la liga en 1948 y obtuvo, en esta división su primer título en 1954 y posteriormente ganó varios títulos consecutivos (1954, 1958, 1961, 1962, 1963, 1964, 1965 y 1966). En 1965 “la Villa” decidió afiliarse a la Asociación del Fútbol Argentino (AFA).
El año 1971 marcó su primer gran protagonismo en los torneos de AFA aunque quedó en las puertas del ascenso por tan solo un punto de diferencia. Sin embargo, dos años después, llegó el primer ascenso cuando fue subcampeón a un punto de Luján, quien fue en definitiva el campeón de ese torneo. En la Primera División “C”, Villa San Carlos estuvo presente hasta 1977 cuando descendió finalmente a la división “D”. En 1986 volvió a la primera C al salir segundo, detrás de Deportivo Riestra en la zona B del torneo Apertura, sin embargo su paso fue fugaz.
Luego de un estupendo torneo, de la mano de Rubén Marchioni, el celeste llegó al final del certamen igualando en todo con Acassuso. Entonces hubo que recurrir a un partido para desempatar y para ello se eligió la cancha de Independiente, en donde el pueblo villero se congregó un 10 de abril de 1993. Y tras la igualdad en uno en los 90 minutos, Marcelo Govoni puso el preciso frentazo en el minuto diez del tiempo suplementario para dar el primer campeonato y el tercer ascenso a “la villa”.
En la temporada 2001/02 consiguió un nuevo ascenso, de la mano de Carlos Gorostieta como entrenador, tras vencer en cancha de Estudiantes de La Plata en la final a Sacachispas por 1 a 0 el 28 de julio de 2002 donde por unos años estuvo en la categoría.
El 18 de mayo de 2009 Villa San Carlos logró el ascenso por primera vez en su historia a la “Primera B Metropolitana” tras conseguir el título en la “Primera C” luego de empatar 1 a 1 frente a Defensores de Cambaceres, su tradicional rival, en “El Bosque”. Rodrigo Salinas a los 12 minutos del primer tiempo abrió la cuenta para la “villa”, que hizo las veces de local en el estadio de Gimnasia y Esgrima La Plata, y 15 minutos después empató la visita.3
El conjunto que dirigía Facundo Besada necesitaba solamente un punto para coronarse campeón, y lo consiguió en un partido que tuvo poco fútbol pero mucha intensidad, nerviosismo y vibración. El plantel terminaría el campeonato consagrándose con 73 unidades, producto de 21 triunfos, 10 empates y siete derrotas, sumando 55 goles a favor y 32 en contra.
En la Primera “B”, se realizaron buenas campañas y hasta se logró clasificarse al reducido en la segunda temporada en dicha categoría, conducido por el berissense Ricardo Rezza. La “villa” llegó a semifinales quedando eliminado por Defensores de Belgrano, sería el primer ciclo con Don Ricardo y se vendría otro que sería el punto máximo de nuestra institución.
25 de mayo de 2013. Impensado, histórico, de locos y emocionante fue haber ganado el campeonato de Primera «B» y el ascenso de Villa San Carlos a la “B” Nacional, la segunda división del fútbol argentino. Conducido nuevamente por Ricardo Rezza y con un goleador letal como Pablo Vegetti llevaron a San Carlos al punto máximo en su historia. El equipo, compuesto en su mayoría con jugadores como Mauro y Gonzalo Raverta, Federico Slezack, Emiliano Córdoba, Santiago Sommariva, Ignacio Oroná y Emmanuel Ávalo Piedrabuena, venció en la última fecha a Barracas Central por 1 a 0 con gol de Martín Troncoso en el Estadio Genacio Sálic.
4 Mayo fue el mes de la revolución “Villera”, ya que le tocó afrontar el Nacional B, una categoría súper profesional que le permitió conocer la República Argentina con todo lo que eso implica. El nombre de Villa San Carlos se hizo conocido en todo el territorio argentino llevando la bandera de Berisso.
El club viajó a Santa Fe, Mendoza, Córdoba, Misiones, Jujuy, Tucumán, Entre Ríos. Corrientes, San Juan y toda la Provincia de Buenos Aires, jugando en estadios mundialistas como el José María Minella de Mar del Plata, Mario Alberto Kempes de Córdoba y el Libertadores de América de Avellaneda (Donde se logró un historíco empate frente a Independiente).
En la divisional se consiguió ganar un puñado de partidos, el más recordado será el triunfo 3 a 2 en Berisso ante Talleres de Córdoba (La primera victoria del equipo en la B Nacional). Tras una mala campaña realizada el 28 de abril de 2014 el club volvió a la B Metropolitana.
El 25 de octubre de 2013 se presentó «Siete años: La epopeya de Villa San Carlos», primer libro dedicado al club de Berisso. La obra repasa una etapa gloriosa de la institución: desde mediados de 2006 (cuando se salvó de bajar a Primera D a través de la promoción) hasta mediados de 2013 (cuando ascendió a la B Nacional por primera vez en su historia).
Contiene relatos breves, anécdotas, entrevistas, fotos, estadísticas y notas de archivo. La editorial que lo publicó es «Engranajes de la Cultura» y su autor es Máximo Randrup.
El 28 de abril de 2018, Villa San Carlos perdió 2 a 1 en Isidro Casanova contra Almirante Brown y volverá a Primera C después de 9 años sin jugar en esta categoría.
Más allá de la tristeza, los hinchas del equipo de Berisso recibieron en la sede social a sus jugadores con aplausos y aliento, un hecho que pocas veces se da en circunstancias adversas.
El 30 de junio de 2019 ascendió a la Primera B tras un año en la C, venció a Excursionistas en la final del reducido.